「超能力开发研究所」突然遭到无数不明生命体的攻击，研究所已经完全被破坏殆尽。混乱中，原本在研究所中被实验的超能力者小雷（10岁）与纱绫香（12岁）趁隙逃了出来。数月之后，不明生命体的政击再度出现，这次的目标竟然是纱绫香，翔一闻讯之后立即变身为假面骑士颛门，与G3-X一同前住救援。突然间，G4出现了，他的出现让众人非常惊讶。因为在两个月前，G4的蓝图被盗，它的力量强大，但是穿戴它的人往往受不了而致命，到底是谁偷走G4后又制造它？不明生命体的攻击到底来自何方？假面骑士门门，G3-X，G4与不明生命体之间的战争即将开打！！